深入的分析需将不同公司的财务指标作相互比较，指标的高低反映了公司间某方面的优劣差异。这种差异产生于公司的外部环境和内部机制不同。
在分析公司内部机制时，应分清大型集团公司与小公司之间的差异，大公司实力雄厚，然机构复杂，小公司轻便灵活，但经不起风浪。因此，在同行业中还应挑选经营规模大小相近的公司作比较，这样，公司间不仅外部环境相似，而且内部条件也相近，比较结果真实地显示出公司的经营效率和管理水平。
上市公司中不容易找到两家各种条件都很相似的公司，在实际比较时，首先应分析公司间的各种差别，并估计这些差别对财务指标的影响，再比较公司间的财务指标，分析它们的经营效益。
除了公司间相互比较外，还可将公司的财务指标与通常的标准作比较。需注意的是不同的行业有不同的标准，所谓的标准乃是指一般正常情况下的典型。比较时应根据公司的实际情况，分析财务指标与标准相差的原因，这样可以更完整准确地了解公司的状况。
买股票就是买未来，股票价格的高低乃是广大投资者对公司前途好坏的衡量。财务分析的重要任务之一就是了解公司的财务状况，预期其发展前景。
因此，做财务分析不仅要掌握公司目前的财务状况，而且要了解公司过去的财务状况，将目前的各种财务比率与去年和前年进行比较，分析其财务状况比以前是改善了还是恶化了，并进一步搞清财务状况改善或恶化的原因，公司的生产规模是扩大了还是缩小了，产品的销售市场是扩张了还是萎缩了，生产成本是增加了还是减少了，公司管理水平是提高还是降低了等等。从而预期公司未来的发展情况，估计公司股票的现有价值和潜在价值，正确地把握其股价。
财务比率比较分析有两种，一种为纵向比较，一种为横向比较。横向比较就是公司之间的相互比较，如彼此竞争公司间的分析。纵向比较就是一个公司时间上的对比分析，通常以过去的财务资料为对象与最新的财务报告作比较。通过比较分析我们可以深入地了解公司的财务状况，明确公司在同行业中的地位，并预期它未来的发展情况。
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