可以发现，融资融券推出之后，增加了股指期货期现套利操作的机会。例如，在正向套利过程中，假如构造股票现货组合的资金不足，能够通过融资解决；而有了融券卖空的条件，当股指期货市场初显股指期货合约价格低于无套利区间下界，导致股指期货价格低估的时候，能够通过反向套利，卖出股指期货合约，而融券做空股票现货从事套利。
然而，在上述存在交易成本等计算股指期货理论定价模型时，股指期货期现套利在实际操作中需要注意：
1.由于股指期货的标的指数并不是一种可交易的产品，它只是为了描述股票市场整体或者部分的特征出现的。但是在股指期货的期现套利当中，一定涉及到指数的买卖。存在3种方式以构造股票现货组合：第一，是直接运用现货组合精确复制指数，这样可以精确地反映指数的变化，然而交易成本极大，也会有比较大的冲击成本。而且当出现指数修正的时候，会造成组合不能反映指数。第二，是运用ETF以代替指数。ETF指是在交易所上市的一种跟踪“标的指数”变化的开放式基金，它的净值收益反映了与指数相同的系统风险，然而ETF的交易价格会随着供求关系变化进而偏离净值，当套利机会出现的时候，套利者可能均会买进ETF进行套利从而抬升ETF的价格，如此一来就会增加套利成本。第三，是运用部分成份股复制指数，例如分层抽样、优化抽样等。此种方法可以应用相对少的交易成本以复制指数，但无法精确地模拟指数。
2.在正向套利当中，套利程序就会依据股票指数成份股的权重按比例购买不同数量的股票以拟合标的指数。由于每只股票买卖价之间的价差不同或流动性问题导致冲击成本。为了可以同时交易到确定数量的股票，交易系统在买进股票组合时必须充分考虑冲击成本，如此一来买进的股票组合构成的现货指数价格将超过套利对应的股票指数价格。反之，在反向套利当中，也会依照相应比例卖出不同数量股票，此时卖空股票组合构成的指数价格要低于套利位置的指数价格。这其中便有可能出现理论计算与实际操作的误差，造成套利过程无利可图。
3.套利过程中必须设置合理的保证金比例，防止出现保证金不足而造成被强行平仓的风险。由于在套利持仓的过程当中，完全可能有这种情况发生。例如我们是做反向的期现套利，所做的操作是卖出现货的同时买进股指期货，因为买进股指期货可能在持仓的过程当中，价格下挫而出现追缴保证金的风险。虽然可以肯定持有到平仓时，期货价格会向现货价格收敛，但在期货价格向现货价格收敛的过程中，应当保证本身流动性的充沛，否则我们未等平仓获利，自身的资金链首先就断了。LTCM当年的破产是由于资金链的断裂，假如他们可以减持到最终价格收敛，那么获利将十分丰厚，但不幸的是他们没有等到这一天。所以在套利操作初期，必须设置合理的保证金比例水平来确保股指期货头寸能保持到套利结束而不被强行平仓。
